Miguel Andrade erhielt seinen Ph.D. in Biochemie an der Universidad Complutense de Madrid im Jahr 1994. Er absolvierte eine Postdoktorandenausbildung am European Molecular Biology Laboratory in Heidelberg und Cambridge mit Chris Sander und Peer Bork. Seine Postdoktorandenstudien umfassten die Entwicklung und Anwendung von Berechnungsmethoden zur Analyse der Funktion und Struktur von Genen und Proteinen. Von 2003 bis 2007 war er Assistent Professor am Department of Medicine der University of Ottawa, Wissenschaftler und Leiter der Bioinformatik-Gruppe des Ottawa Health Research Institute in Ottawa, Kanada, wo er 2006 zum Senior Scientist befördert wurde. 2007 gründete Miguel die Gruppe Computational Biology and Data Mining am Max-Delbrück-Zentrum für Molekulare Medizin in Berlin. Seit 2014 ist Miguel an der Fakultät für Biologie der Johannes Gutenberg-Universität in Mainz als Professor für Bioinformatik zuständig.