Immanuel Ott studierte Musiktheorie an der Hochschule für Musik und Theater Rostock und unterrichtete im Lehrauftrag an den Musikhochschulen in Rostock, Lübeck, Osnabrück und Münster. Von 2008–2011 promovierte er bei Oliver Korte an der Musikhochschule Lübeck, 2014 erschien seine Dissertation unter dem Titel »Methoden der Kanonkomposition bei Josquin Des Prez und seinen Zeitgenossen« im Olms-Verlag. Von 2011 bis 2015 war er Dozent für Musiktheorie an der Folkwang Universität der Künste in Essen, 2015 wurde er zum Professor für Musiktheorie an die Hochschule für Musik Mainz berufen. Von 2017 bis 2023 war er dort Rektor. Seine Forschungsschwerpunkte liegen auf der Rekonstruktion von Kompositionsprozessen speziell der Musik der Renaissance sowie den Zusammenhängen zwischen Musiktheorie und -ästhetik im 19. Jahrhundert. Seine Kompositionen wurden unter anderem von der Württembergischen Philharmonie Reutlingen, der Norddeutschen Sinfonietta und der Greifswalder Bachwoche aufgeführt. Von 2016 bis 2020 war er Präsident der GMTH.